“中山醫(yī)學院”最早得名于1957年，其源頭可以追溯到1866年成立的中國最早西醫(yī)學校——博濟醫(yī)學堂。中山醫(yī)學院的發(fā)展大致可以分為三個階段。

第一階段：從1866年創(chuàng)立博濟醫(yī)學堂到解放初期院校調整之前（1866～1953）

1866年，美國傳教士醫(yī)師嘉約翰在廣州設立博濟醫(yī)學堂，孫中山先生曾在此學醫(yī)和從事革命活動。后來，博濟醫(yī)學堂并入嶺南大學，成立嶺南大學醫(yī)學院。隨后又吸納了私立夏葛醫(yī)學院。隨后私立夏葛醫(yī)學院又并入嶺南大學醫(yī)學院。

中山醫(yī)學院的另一個重要的源頭是1909年成立的廣東公醫(yī)學堂。廣東公醫(yī)學堂后來發(fā)展成廣東公醫(yī)醫(yī)科大學，又并入國立廣東大學，隨大學更名，成為中山大學醫(yī)學院。

第二階段：從解放初期院校調整到2001年兩校合并之前（1953～2001）

1953年解放初，全國院校調整，嶺南大學醫(yī)學院和中山大學醫(yī)學院合并成立華南醫(yī)學院，隨后廣東光華醫(yī)學院也并入華南醫(yī)學院。此后，華南醫(yī)學院相繼改名為廣州醫(yī)學院、中山醫(yī)學院、中山醫(yī)科大學，并成立中山醫(yī)科大學基礎醫(yī)學院。這個階段，在著名的醫(yī)學教育家柯麟的帶領下，中山醫(yī)學院建立了完善的現(xiàn)代醫(yī)學教育體系，擁有一批在國內(nèi)外醫(yī)學界有較大影響力的大師和名家，教學、科研和醫(yī)療取得了較大的發(fā)展，成為中南地區(qū)最高醫(yī)學學府和衛(wèi)生部屬的六所全國重點醫(yī)學院校之一。

在1960年代，中山醫(yī)學院擁有梁伯強、謝志光、陳心陶、陳耀真、秦光煜、林樹模、周壽愷、鐘世藩八位國家一級教授，被人稱為“八大教授”，現(xiàn)在北校區(qū)醫(yī)學圖書館二樓陳列著八位一級教授和柯麟院長的油畫像。

陳心陶教授在防治血吸蟲病方面做出了突出成就，兩次受到毛澤東主席的接見。

第三階段：2001年兩校合并至今（2001～現(xiàn)在）

隨著全國高等醫(yī)學教育管理體制改革，恢復了綜合性大學辦醫(yī)學教育。2001年10月，原中山大學和中山醫(yī)科大學合并為新中山大學，并成立了中山大學中山醫(yī)學院，我院進入一個嶄新的發(fā)展階段。

中山醫(yī)學院在學科建設、科學研究、人才培養(yǎng)、實驗室規(guī)模、實驗儀器設備等方面均處于國內(nèi)同類學院前列，已成為一個學科門類齊全、基礎條件優(yōu)越、教學科研力量雄厚，在國內(nèi)外有一定影響的基礎醫(yī)學教學、科研和技術開發(fā)基地。